对于非法经营药品行为的刑事责任认定问题，目前尚无相关司法解释予以规定，但这并不意味着对无证非法经营药品的行为不能以刑事犯罪追责。在司法实践中，认定无证经营药品的行为是否构成非法经营罪以及是否存在情节特别严重的情形时，应当注意以下几点：(1)无证经营药品的行为构成非法经营罪。根据《药品管理法》的规定，从事药品批发活动，应当经所在地省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门批准，取得药品经营许可证。从事药品零售活动，应当经所在地县级以上地方人民政府药品监督管理部门批准，取得药品经营许可证。无药品经营许可证的，不得经营药品。由此可知，无证经营药品的行为属于违反国家规定的非法经营行为，情节严重的，应当认定其构成非法经营罪。(2)司法解释对非法经营罪情节严重的规定。根据最高人民检察院、公安部《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(二)》的规定可知，从事其他非法经营活动，个人非法经营数额在5万元以上，或者违法所得数额在1万元以上的;单位非法经营数额在50万元以上，或者违法所得数额在10万元以上的;虽未达到上述数额标准，但2年内因同种非法经营行为受过二次以上行政处罚，又进行同种非法经营行为的;以及具有其他情节严重的情形的，均应以非法经营罪追究其刑事责任。(3)非法经营药品行为情节特别严重的认定。虽然目前我国尚无司法解释对非法经营药品情节特别严重的情形作出明确规定，但出于对法益的保护，以及对罪责刑相适应原则的贯彻，不应对所有此类行为均认定为情节严重而适用较重的量刑幅度。根据前述司法解释的规定可知，非法经营罪情节严重的认定是以非法经营数额、违法所得以及是否在2年内因同一行为受过两次以上行政处罚等因素作为判定标准，参照该司法解释以及最高人民法院、最高人民检察院《关于办理非法生产、销售烟草专卖品等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》的有关规定可知，通常情况下，非法经营行为情节特别严重的犯罪数额标准为情节严重的5倍，故对非法经营药品行为情节特别严重的认定，也应当以情节严重的犯罪数额的5倍为标准，即非法经营数额在25万元以上，或者违法所得数额在5万元以上的，应当认定为情节特别严重。